Seit 2015 ist Freistetter als Militärbischof für die österreichischen Soldaten zuständig. Sein bischöflicher Wahlspruch ist „Religio et Pax“ (Religion und Frieden).
Bischof Werner Freistetter sagte, „die Ziele beider Kriegsparteien“ seien gegenwärtig „so weit auseinander, dass es nichts zu verhandeln gibt“.